Interdisciplinaridade está se tornando um tema central de discussão entre pesquisadores e educadores, renovando o entusiasmo dos que há mais tempo se ocupam com epistemologias não-reducionistas, nãofragmentadoras. Na pós-graduação, implementar e consolidar um programa na “área multidisciplinar”, estes já descobriram, não é tarefa trivial. Barreiras institucionais e culturais constituem permanentes desafios a superar. O objetivo deste artigo é apresentar a história dos 10 anos de experiência da construção do programa interdisciplinar de Pós-Graduação em Agroecossistemas da Universidade Federal de Santa Catarina (PGA/UFSC). Processo de constante esforço para superar adversidades, que por um lado dificultaram a consolidação do programa, mas ao mesmo tempo promoveram um rico ambiente de crescimento intelectual de professores e estudantes. A exemplo do próprio conceito e significado de interdisciplinaridade, em constante construção, o debate em torno da natureza, formato e avaliação dos programas “multidisciplinares” deverá ser permanente. Em seu favor, nessa discussão, o PGA tem muita experiência acumulada, e que, dada a oportunidade, poderá contribuir para a construção de um novo projeto de educação em nível de pós-graduação, que objetive a transformação de todos os interessados e onde a ciência não tenha um fim em si mesma.