O objetivo deste trabalho é discutir as relações entre a interdisciplinaridade e a pesquisa, debatendo seus principais problemas e desafios, segundo os termos presentes, em período recente, no debate francês. Para tanto, inicialmente procede-se a uma revisão dos principais fundamentos da interdisciplinaridade, assim como do contexto em que esta questão emerge na discussão da pesquisa internacional. Em seguida, procura-se demonstrar, por meio da Sociologia das Ciências, a constituição de um campo de pesquisas interdisciplinares. Por fim, intenta-se debater as diferentes classes de problemas e desafios que são enfrentados pela prática interdisciplinar de pesquisa. São assim recorrentes os desafios de organização e coordenação de um coletivo de pesquisa; de comunicação entre pesquisadores; de ordem científica e epistemológica; e, também, de definição dos critérios da certificação científica. Estes problemas e desafios constituem, em última análise, uma grade de leitura que pode colaborar com o marco teórico da interdisciplinaridade na pesquisa e na pós-graduação brasileira.