O objetivo deste texto é descrever o projeto político-pedagógico do Mestrado Profissional implantado no Programa de Pós-Graduação do Instituto de Saúde Coletiva (ISC), em 2000, e relatar a experiência acumulada com a oferta de cinco edições do curso realizada em parcerias com instituições nacionais e estaduais. Desse modo, são apresentados os objetivos gerais, a estrutura curricular e a dinâmica de realização do curso e retratados, em linhas gerais, a experiência desenvolvida e os resultados alcançados com a realização dos cursos, dois já finalizados e três em andamento. Esses cursos contemplaram distintas áreas de concentração: a) Docência em Saúde da Família, no período 2001-2002, em parceria com a Universidade Estadual de Santa Cruz, em Ilhéus, Bahia; b) Gestão de sistemas de saúde, oferecido a três turmas, duas no âmbito do Ministério da Saúde (2001-2002 e 2004-2005), e outra em parceria com a Secretaria Estadual de Saúde de Goiás (2003-2004); c) Epidemiologia em serviços de saúde, em parceria com a Secretaria de Saúde da Bahia (2003-2004). No segundo semestre de 2005 teve início outra turma do curso, na área de concentração em Vigilância Sanitária, oferecida em parceria com a Anvisa.