O artigo apresenta a experiência de planejamento e implantação de um mestrado profissional em Educação destinado à formação docente, com ênfase na aplicação de conhecimentos para a atuação profissional, porém, alicerçada na pesquisa, no pensamento reflexivo/crítico e na inovação pedagógica. A abordagem adotada para o relato busca superar as diferenças e os antagonismos entre mestrados acadêmicos e profissionais e se foca nos componentes que distinguem uma inovação: a) a alteração de sentido da prática corrente; e b) o caráter intencional, sistemático e planejado, em contraponto à mudança espontânea ou esporádica. São discutidos os conceitos de mestradoprofissional e inovação no âmbito educacional; é apresentado o projeto pedagógico, sua organização, bem como os elementos que viabilizam a inovação na atuação profissional; além da experiência vivenciada até o momento e os aprimoramentos possíveis.