Descrevemos neste artigo os êxitos e as dificuldades da implementação do Programa de Pós-Graduação Interunidades em Biotecnologia, que tem, na verdade, caráter interinstitucional, reunindo a Universidade de São Paulo, o Instituto Butantan e o Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo. São apresentadas e discutidas a estrutura e organização do Programa, assim como características dos mestres e doutores por ele formados. Acreditamos que os nossos êxitos possam servir de base sólida para a implementação de outros cursos interinstitucionais e as dificuldades encontradas, substrato útil para o aprimoramento da pós-graduação no Brasil.