Este artigo* aborda a evolução do sistema de pós-graduação em Ciências Farmacêuticas no Brasil. São apresentados dados relativos às avaliações realizadas pela Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior – Capes, nos últimos 20 anos, especialmente aqueles referentes à avaliação trienal 2001-2003. Em relação à avaliação anterior, constata-se uma expansão significativa no número de cursos de doutorado (da ordem de 40%). A análise da produção intelectual expressa através das publicações em periódicos qualificados indica um crescimento superior a 75% em artigos categorizados com Internacional A. O artigo analisa a evolução do sistema de pós-graduação frente às demandas dos setores acadêmico, industrial e de serviços, aborda aspectos da relação entre pós-graduação e graduação e aponta questões críticas relacionadas com a expansão do sistema formador em nível de pós-graduação.