Neste artigo nós apresentamos a evolução da proposta pedagógica e da estrutura curricular do Mestrado em Ecologia e Biomonitoramento da Universidade Federal da Bahia (UFBA). Descrevemos a proposta original, implementada em 2001, e nossa avaliação de suas principais limitações após o primeiro triênio. Em seguida, apresentamos os ajustes realizados e os resultados obtidos ao final do segundo triênio. Finalmente, apresentamos as modificações que planejamos para o terceiro triênio e nossa proposta curricular para o doutorado, atualmente em apreciação pela Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes). Avaliamos que as alterações de percurso realizadas em nosso curso permitiram um nível elevado de integração entre os estudantes e, principalmente, do desenvolvimento do espírito crítico, com refl exos positivos sobre a qualidade dos projetos de mestrado, dos artigos publicados e na sua formação como pesquisadores e professores.