O artigo, utilizando dados existentes nas agências de fomento, em especial a Capes e o CNPq, bem como sugestões discutidas nos fóruns promovidos pelo Fórum Nacional de Pró-Reitores de Pesquisa e Pós- Graduação das IES brasileiras (Foprop), no período de 1998 a 2004, realiza uma abordagem crítica a respeito das políticas adotadas para a distribuição dos recursos, mostrando que os critérios utilizados para tanto deixam, em muitos casos, de considerar aspectos relevantes como as questões demográficas nacional, regionais e estaduais, levando a equívocos que tiveram como resultado, a ampliação de desigualdades e desequilíbrios, em especial entre os Estados brasileiros. Como proposta, o trabalho aponta a necessidade da adoção de políticas de planejamento estratégico que envolvam os Estados e as instituições ali existentes, para, em um esforço conjunto, poder reduzir tais desequilíbrios.