La evaluación de la calidad de las publicaciones de los programas de posgrado por medio del sistema Qualis Periódicos ha sido objeto de críticas, lo que sugiere la necesidad de una revisión, considerando que su implantación se inició en 1998. No obstante, no hay consenso en relación a la metodología de clasificación y tampoco a respecto de los pesos conferidos para la evaluación de los programas de posgrado. Esta investigación de naturaleza cualitativa fue desarrollada mediante consulta por vía electrónica para la recolección de informaciones y fue dirigida a los coordinadores de programas de posgrado cuyas notas fueron modificadas en las tres últimas evaluaciones trienales de la Capes (2004-2007-2010). Los resultados mostraron incertidumbre, pero la mayoría se mostró favorable a la continuidad y al perfeccionamiento de este sistema.