Este artigo descreve o papel do Mestrado em Desenvolvimento Regional da Universidade Federal do Amapá, criado em 2006, a fim de qualificar o debate sobre o desenvolvimento regional, a partir de suas (re)configurações territoriais e fronteiriças. O artigo busca compreender a dinâmica territorial amapaense com o intuito de amadurecer as pesquisas sobre o papel que a pós-graduação pode oferecer na produção de um conhecimento que leve efetivamente ao desenvolvimento regional. Para tanto, realiza um resgate histórico sobre o Amapá,chegando à importância da criação do Mestrado em Desenvolvimento Regional, seus avanços e suas perspectivas para o desenvolvimento regional. Os resultados apontam que o estado do Amapá ainda é deficitário na produção do conhecimento, fator que, em parte, o referido curso de mestrado tem conseguido suprir.