Este estudo objetivou conhecer as repercussões da indução dos mestrados profissionais em Ensino na Saúde, procurando subsídios para o aprimoramento e a sustentabilidade dos programas. O trabalho teve caráter qualitativo exploratório, reunindo análise documental e realização de entrevistas semiestruturadas com coordenadores dos programas, predominando a análise temática dos dados coletados. Evidenciaram-se duas categorias: “Avanços dos programas em Ensino na Saúde na modalidade profissional” e “Desafios na implementação da política indutora”. Os avanços foram identificados pelo crescimento do número de programas, distribuição regional e agregação dos programas na área de Ensino da Capes. Os desafios remetem para a ausência de financiamento, pouca valorização do mestrado profissional e pouca clareza dos critérios de avaliação dos programas.