Este texto se propone reflexionar sobre las principales contradicciones y límites de la evaluación realizada en los programas de posgrado sometidos a la Comisión de Evaluación Interdisciplinaria (CAInter/Capes). Algunas de las inquietudes se relacionan a la búsqueda por calidad en la producción de conocimiento en esos programas; por un lado, vinculándose a la organización de los currículos, a la composición del cuerpo docente y discente, a la dinámica de los grupos de investigación, a las condiciones de elaboración de disertaciones, tesis e investigación en que la multi y la interdisciplinariedad se colocan como meta; por el otro, al Sistema de Evaluación a que los programas están sometidos y tienen en la disciplinariedad su génesis. Las conclusiones apuntan principalmente a la necesidad de discutir alternativas a la forma de evaluación disciplinaria, bajo pena de hacer inviables las posibilidades de construcción de conocimientos que buscan establecer diálogos entre distintas áreas científicas.