O presente manuscrito destina-se à apresentação de algumas ações desenvolvidas no projeto de ensino na área de saúde que têm realizado importantes contribuições teórico-práticas para a formação de docentes e para o ensino superior em saúde, no contexto de um programa de pós-graduação em Pesquisa Clínica em Doenças Infecciosas, destacando a base teórica nos princípios da educação emancipatória de Paulo Freire. Assim, apresentamos experiências que vêm fortalecendo esse programa, não somente no que se refere à qualificação e ao aperfeiçoamento profissional para o Sistema Único de Saúde, mas também na melhor compreensão da produção do conhecimento na área da saúde. Nossa intenção é divulgar tais iniciativas inspiradas em pressupostos freireanos e na cooperação internacional, com foco na pós-graduação.