El objetivo central de este artículo fue analizar programas interdisciplinarios de posgrado, buscando captar especificidades de los contextos y pretextos de los programas confrontados. El locus del estudio fueron ocho programas de posgrado (stricto sensu) interdisciplinarios reconocidos y recomendados por la Coordinación de Perfeccionamiento de Personal de Nivel Superior (CAPES), cuyo principio es el diálogo entre las Ciencias Humanas y de la Naturaleza, y un programa de la University of Arizona (U of A) - Estados Unidos. Los análisis llevados a cabo identificaron una estrecha relación entre los movimientos internacionales de repensar la ciencia moderna y la génesis de los programas. Se comprenden los programas como parte del creciente movimiento de la ciencia que trata de repensar la fragmentación y la dualidad, incluso en el sentido de legitimar otros entornos de poder y prestigio y revisar la organización de áreas de conocimiento históricamente constituidas.