O objetivo central deste artigo foi analisar programas de pós-graduação interdisciplinares, buscando captar especificidades dos contextos e pretextos dos programas confrontados. O locus do estudo foram oito programas de pós-graduação (stricto sensu) interdisciplinares reconhecidos e recomendados pela Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes), que têm como princípio o diálogo entre Ciências Humanas e da Natureza e um programa da University of Arizona (U of A), dos Estados Unidos. As análises realizadas identificaram uma relação estreita entre movimentos internacionais de repensar a ciência moderna e a gênese dos programas. Os programas são compreendidos como parte do movimento crescente da ciência que busca repensar a fragmentação e a dualidade, inclusive na direção de legitimar outros espaços de poder e prestígio e rever a organização de áreas do conhecimento historicamente constituídas.