Com a significativa ampliação da produção científica brasilei­ra, sustentada principalmente pelos programas de pós-graduação das universidades públicas, emergem novos desafios para seus coordena­dores relacionados à administração de recursos humanos e financei­ros. Com o objetivo de instrumentalizar os gestores de programas de pós-graduação diante de um cenário de rápida mudança dos modos de produção de conhecimento, descreve-se o caso de um programa de pós-graduação em Pediatria, em que se apontam as dificuldades, oportunidades e uma breve avaliação referente ao processo de adap­tação frente a um modelo de produção de conhecimento mercado-di­rigido, circunstanciado dentro de uma estrutura universitária de difícil trânsito administrativo e com um acesso precário aos fundos de inves­timento para a pesquisa e formação.