Relatamos a experiência de criação dos novos cursos de mestrado e doutorado em “Ensino em Biociências e Saúde” na Fundação Oswaldo Cruz. Contextualizando a atual crise brasileira na educação científica, seus condicionantes e conseqüências, o artigo discute aspectos epistemológicos e metodológicos desses cursos e analisa os fatores que levaram uma instituição de pesquisa, tradicionalmente ocupada com as questões específicas de Biociências e Saúde, a envolver-se com os problemas de educação formal e não-formal na área, identificando desafios.